O sistema operacional dos gerenciadores de rede baseados em hardware, como NAEs, SNEs e SNCs, é protegido por meio de uma conta no sistema operacional integrado do controlador. Essa conta é a conta MetasysSysAgent e é a única conta do Windows localizada nesses dispositivos. A conta possui privilégios administrativos e a senha pode ser alterada fazendo login no dispositivo diretamente no Site Management Portal UI e redefinindo a senha do usuário MetasysSysAgent.
Muitos dos recursos do sistema operacional não exigidos pelo software Metasys foram removidos dos gerenciadores de rede, tornando-os menos vulneráveis a ataques ao sistema operacional.