L'opzione Scarica certificati permette di scaricare i certificati dei server indipendentemente dalle altre operazioni. Questo metodo è molto più veloce rispetto al download dell'intero database con l'opzione Scarica su dispositivo della schermata Gestisci archivio.
Quando si scaricano i certificati su un dispositivo del sito, SCT determina il set di certificati richiesto da quel dispositivo per una corretta configurazione del sito. Se mancano uno o più certificati, SCT include il set di certificati che riconosce durante il download ma, per poter stabilire connessioni sicure, occorrerà importare i certificati mancanti. Si osservi inoltre che non sarà scaricato alcun certificato nel caso in cui il certificato server e la chiave privata per quel dispositivo non siano presenti nell'archivio SCT.