Per importare i certificati e le chiavi private dal file system locale è possibile utilizzare SCT. Sono supportati tre formati di file: *.pem, *.cer e *.crt. In genere, ogni dispositivo ha due o tre file di certificati da importare: radice, intermedio e server. Alcuni dispositivi possono avere più certificati intermedi. In ogni caso, occorre sempre importare tutti i file dei certificati forniti dal reparto IT del cliente o dalla CA in relazione alla CSR loro inviata.
SCT supporta l'importazione di un solo certificato alla volta. Se ad esempio le informazioni del certificato radice e del certificato intermedio sono riunite in un unico file, è necessario dividerlo in due file differenti, uno per il certificato radice e l'altro per quello intermedio.
Quando si importa un certificato server, SCT abbina il certificato importato con la chiave privata della CSR associata. Se si importa un certificato server che contiene un attributo Issued To Common Name (CN) identico a quello di un certificato esistente, il certificato importato sostituirà quello esistente ma la chiave privata verrà mantenuta e non sarà sostituita.